zhpsЖурнал прикладной спектроскопииZhurnal Prikladnoii Spektroskopii0514-7506B. I. Stepanov Institute of Physics of the National Academy of Scienceszhps-1347Research ArticleМОЛЕКУЛЯРНАЯ СПЕКТРОСКОПИЯMOLECULAR SPECTROSCOPYМеханизм связывания метиленового синего с одноцепочечными синтетическими полинуклеотидами poly(rA) и poly(rU)Mechanism of Binding of Methylene Blue with Single-Stranded Synthetic Polynucleotides Poly(rA) and Poly(rU)МовсесянЗ. О.MovsesyanZ. O.

Ереван

Yerevan

АнтонянА. П.AntonyanA. P.

Ереван

Yerevan

ВардеванянП. О.VardevanyanP. O.

Ереван

Yerevan

Ереванский государственный университетYerevan State University202323082023904547552Copyright © Мовсесян З.О., Антонян А.П., Вардеванян П.О., 20232023Мовсесян З.О., Антонян А.П., Вардеванян П.О.Movsesyan Z.O., Antonyan A.P., Vardevanyan P.O.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://zhps.ejournal.by/jour/article/view/1347

Изучено связывание тиазинового красителя метиленового синего (МС) с одноцепочечными (оц-) синтетическими полирибонуклеотидами полирибоадениловой (poly(rA)) и полиуридиловой (poly(rU)) кислот методами абсорбционной спектроскопии и УФ-плавления. Обнаружено, что механизмы связывания МС с poly(rA) и с poly(rU) существенно различаются. Полученные данные указывают на то, что основной способ взаимодействия МС с оц-poly(rA) соответствует полуинтеркаляции, с оц-poly(rU) — электростатическому связыванию. Выявлено, что МС способствует образованию гибридного дуплекса poly(rA)-poly(rU).

The study of the binding of thiazine dye methylene blue (MB) with single-stranded (ss-) synthetic polyribonucleotides poly(rA) and poly(rU) has been carried out with the methods of absorption spectroscopy and UV-melting. It has been revealed that the binding mechanisms of MB to poly(rA) significantly differs from that one of MB binding to poly(rU). The obtained data indicate that the main binding mode of MB to ss-poly(rA) corresponds to semi-intercalation, while at the binding to poly(rU) — electrostatic binding. MB has been also found out to contribute to the formation of hybrid duplex poly(rA)-poly(rU).

метиленовый синийполуинтеркаляцияполирибоадениловая и полиуридиловая кислотыэлектростатическое связываниеабсорбцияУФ-плавлениеmethylene bluesemi-intercalationpoly(rA)poly(rU)electrostatic bindingabsorptionUV-meltingИсследование выполнено при финансовой поддержке комитета по науке Республики Армения (проект № 21T-1F063).ReferencesA. B. Pradhan, L. Haque, S. R. S. Das. PLoS One, 9, N 2 (2014) e8799A. B. Pradhan, L. Haque, S. R. S. Das. PLoS One, 9, N 2 (2014) e8799S. Miljanic, A. Kenđel, M. Novak, T. G. Deliqeorqiev, I. Crnolatac, I. Piantanidac, V. Chis. RSC Adv., 6 (2016) 41927—41936S. Miljanic, A. Kenđel, M. Novak, T. G. Deliqeorqiev, I. Crnolatac, I. Piantanidac, V. Chis. RSC Adv., 6 (2016) 41927—41936M. Maiti, G. S. Kumar. Med. Res. Rev., 27 (2007) 649—695M. Maiti, G. S. Kumar. Med. Res. Rev., 27 (2007) 649—695H. Ihmels, D. Otto. Topics in Current Chemistry: Supramolecular Dye Chemistry, Berlin, Springer (2005)H. Ihmels, D. Otto. Topics in Current Chemistry: Supramolecular Dye Chemistry, Berlin, Springer (2005)R. Palchaudhuri, P. J. Hergenrother. Curr. Opin. Biotechnol., 18 (2007) 497—503R. Palchaudhuri, P. J. Hergenrother. Curr. Opin. Biotechnol., 18 (2007) 497—503N. Foloppe, N. Matassova, F. Aboul-ela. Drug Disc. Today, 11 (2006) 1019—1027N. Foloppe, N. Matassova, F. Aboul-ela. Drug Disc. Today, 11 (2006) 1019—1027Z. Liu, A. Sall, D. Yang. Int. J. Mol. Sci., 9 (2008) 978—999Z. Liu, A. Sall, D. Yang. Int. J. Mol. Sci., 9 (2008) 978—999S. Fulle, H. Gohlke. J. Mol. Recognit, 23 (2010) 220—231S. Fulle, H. Gohlke. J. Mol. Recognit, 23 (2010) 220—231P. Giri, G. S. Kumar. Biochim. Biophys. Acta, 1770 (2007) 1419—1426P. Giri, G. S. Kumar. Biochim. Biophys. Acta, 1770 (2007) 1419—1426O. P. Cetinkol, N. V. Hud. Nucl. Acids Res., 37 (2009) 611—621O. P. Cetinkol, N. V. Hud. Nucl. Acids Res., 37 (2009) 611—621P. Giri, G. S. Kumar. Arch. Biochem. Biophys., 474 (2008) 183—192 [12] H. Xi, D. Gray, S. Kumar, D. P. Arya. FEBS Lett., 583 (2009) 2269—2275P. Giri, G. S. Kumar. Arch. Biochem. Biophys., 474 (2008) 183—192 [12] H. Xi, D. Gray, S. Kumar, D. P. Arya. FEBS Lett., 583 (2009) 2269—2275А. П. Антонян, Н. Р. Петросян, П. О. Вардеванян. Журн. прикл. спектр., 88, № 6 (2021) 942—947A. P. Antonyan, N. H. Petrosyan, P. O. Vardevanyan. J. Appl. Spectr., 88 (2021) 1210—1214M.-E. Nedu, M. Tertis, C. Cristea, A. V. Georgescu. Diagnostics, 10 (2020) 223M.-E. Nedu, M. Tertis, C. Cristea, A. V. Georgescu. Diagnostics, 10 (2020) 223N. D. M. Sani, E. Y. Ariffin, W. Sheryn, M. A. Shamsuddin, L. Y. Heng, J. Latip, S. A. Hasbullah, N. I. Hassan. Sensors, 19 (2019) 5111N. D. M. Sani, E. Y. Ariffin, W. Sheryn, M. A. Shamsuddin, L. Y. Heng, J. Latip, S. A. Hasbullah, N. I. Hassan. Sensors, 19 (2019) 5111S. Tchen, J. B. Sullivan. J. Crit. Care, 57 (2020) 146—156S. Tchen, J. B. Sullivan. J. Crit. Care, 57 (2020) 146—156P. Vardevanyan, A. Antonyan, M. Parsadanyan, M. Torosyan, A. Karapetian. J. Biomol. Struct. Dyn., 34, N 7 (2016) 1377—1382P. Vardevanyan, A. Antonyan, M. Parsadanyan, M. Torosyan, A. Karapetian. J. Biomol. Struct. Dyn., 34, N 7 (2016) 1377—1382M. A. Parsadanyan, M. A. Shahinyan, A. P. Antonyan. Proc. YSU, Chem. Biol., 54, N 2 (2020) 112—117M. A. Parsadanyan, M. A. Shahinyan, A. P. Antonyan. Proc. YSU, Chem. Biol., 54, N 2 (2020) 112—117R. Rohs, H. Sklenar. J. Biomol. Struct. Dyn., 21, N 5 (2004) 699—711R. Rohs, H. Sklenar. J. Biomol. Struct. Dyn., 21, N 5 (2004) 699—711P. O. Vardevanyan, A. P. Antonyan, M. A. Parsadanyan, M. A. Shahinyan, V. G. Sahakyan. J. Biomol. Struct. Dyn., 36, N 14 (2018) 3607—3613P. O. Vardevanyan, A. P. Antonyan, M. A. Parsadanyan, M. A. Shahinyan, V. G. Sahakyan. J. Biomol. Struct. Dyn., 36, N 14 (2018) 3607—3613В. Зенгер. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот, Москва, Мир (1987)В. Зенгер. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот, Москва, Мир (1987)

The authors declare that there are no conflicts of interest present.