КОМПЛЕКСНЫЙ АНАЛИЗ ФЛУКТУАЦИЙ ИНТЕНСИВНОСТИ ФЛУОРЕСЦЕНЦИИ МОЛЕКУЛЯРНЫХ СОЕДИНЕНИЙ
Аннотация
Предложен метод комплексного анализа флуктуаций интенсивности флуоресценции молекулярных соединений, позволяющий определять структурный состав олигомеров белков. Идея метода состоит в анализе гистограмм числа фотоотсчетов экспериментальных измерений с применением метода главных компонент для оценки наличия олигомерных соединений и иерархического кластерного анализа для определения классов данных, соответствующих различным молекулярным соединениям, с последующим выделением медоидов кластеров для нахождения параметров олигомерного состава белковых комплексов. Эффективность алгоритмов анализа, разработанных в рамках реализации предложенного метода, подтверждена на смоделированных и экспериментальных гистограммах числа фотоотсчетов измерений флуктуаций интенсивности флуоресценции мономерных и димерных форм белка GFP.
Об авторах
Н. Н. Яцков
Белорусский государственный университет
Беларусь
220030, Минск
Беларусь
220030, Минск
В. В. Скакун
Белорусский государственный университет
Беларусь
220030, Минск
Беларусь
220030, Минск
Л. Недервин-Шипперс
Университет Гронингена
Нидерланды
9747AG, Гронинген
Нидерланды
9747AG, Гронинген
А. Кортхольт
Университет Гронингена
Нидерланды
9747AG, Гронинген
Нидерланды
9747AG, Гронинген
В. В. Апанасович
Институт ИТ и бизнес-администрирования
Беларусь
220004, Минск
Беларусь
220004, Минск
Список литературы
1. E. L. Elson, D. Magde. Biopolymers, 13, N 1 (1974) 1—27
2. A. Kitamura, M. Kinjo. Int. J. Mol. Sci., 19, N 4, pii: E964 (2018) 1—18
3. S. Veerapathiran, T. Wohland. J. Biosci., 43, N 3 (2018) 541—553
4. Y. Chen, J. D. Müller, P. T. So, E. Gratton. Biophys. J., 77 (1999) 553—567
5. P. Kask, K. Palo, D. Ullmann, K. Gall. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, N 24 (1999) 13756—13761
6. Y. Chen, L. N. Wei, J. D. Müller. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 100, N 26 (2003) 15492—15497
7. В. В. Скакун, В. В. Апанасович. Вестн. БГУ. Сер. 1, Физика. Математика. Информатика, 1 (2016) 52—59
8. D. Marquardt. SIAM J. Appl. Math., 11, N 2 (1963) 431—441
9. Н. Н. Яцков. Интеллектуальный анализ данных, Минск, БГУ (2014)
10. Н. Н. Яцков, В. В. Скакун, В. В. Апанасович. Прикладные проблемы оптики, информатики, радиофизики и физики конденсированного состояния, Минск, НИИ ПФП БГУ (2019) 122—124
11. M. Bramer. Principles of Data Mining, Springer, London (2013)
12. C. C. Aggarwal. Data Mining: The Textbook, Springer, eBook (2015)
13. И. Д. Мандель. Кластерный анализ, Москва, Финансы и статистика (1988)
14. М. Б. Лагутин. Наглядная математическая статистика, Москва, БИНОМ, Лаборатория знаний (2007)
15. P. V. Nazarov, A. K. Wienecke-Baldacchino, A. Zinovyev, U. Czerwińska, A. Muller, D. Nashan, G. Dittmar, F. Azuaje, S. Kreis. BMC Med. Genom., 12, N 1 (2019) 132(1—17)
16. N. Sompairac, P.V. Nazarov, U. Czerwinska, L. Cantini, A. Biton, A. Molkenov, Z. Zhumadilov, E. Barillot, F. Radvanyi, A. Gorban, U. Kairov, A. Zinovyev. Int. J. Mol. Sci., 20, N 18 (2019) E4414 (1—27)
17. I. T. Jolliffie. Principal Component Analysis, Springer, New York (2002)
18. V. V. Skakun, E. G. Novikov, T. V. Apanasovich, V. V. Apanasovich. Methods Appl. Fluores., 3, N 4 (2015) 1—12
19. I. P. Shingaryov, V. V. Skakun, V. V. Apanasovich. Methods Mol. Biol., 1076 (2014) 743—755
20. A. Kortholt, J. S. King, I. Keizer-Gunnink, A. J. Harwood, P. J. M. Van Haastert. Mol. Biol. Cell, 18, N 12 (2007) 4772—4779
21. Н. Н. Яцков, Е. В. Лисица. Интеллектуальный анализ данных: методические указания к лабораторным работам, Минск, БГУ (2019)
Рецензия
Для цитирования:
Яцков Н.Н., Скакун В.В., Недервин-Шипперс Л., Кортхольт А., Апанасович В.В. КОМПЛЕКСНЫЙ АНАЛИЗ ФЛУКТУАЦИЙ ИНТЕНСИВНОСТИ ФЛУОРЕСЦЕНЦИИ МОЛЕКУЛЯРНЫХ СОЕДИНЕНИЙ. Журнал прикладной спектроскопии. 2020;87(4):628-636.
For citation:
Yatskou M.M., Skakun V.V., Nederveen-Schippers L., Kortholt A., Apanasovich V.V. COMPLEX ANALYSIS OF FLUORESCENCE INTENSITY FLUCTUATIONS OF MOLECULAR COMPOUNDS. Zhurnal Prikladnoii Spektroskopii. 2020;87(4):628-636. (In Russ.)
Просмотров: 284
Послать статью по эл. почте 