ОТБОР ХАРАКТЕРИСТИК РАСПРЕДЕЛЕНИЯ ИНТЕНСИВНОСТИ В ЦВЕТОВЫХ КАНАЛАХ НА ЛЮМИНЕСЦЕНТНЫХ ИЗОБРАЖЕНИЯХ РАКОВЫХ КЛЕТОК
Аннотация
Рассмотрены методы (корреляционный, логистической регрессии, медианный и случайного леса) для отбора информативных характеристик распределения интенсивности флуоресценции ядер на многоканальных люминесцентных изображениях раковых клеток. Исходные данные представляют собой трехканальные изображения, зарегистрированные в цветовой системе RGB (Red-Green-Blue). Рассмотрено 39 стандартных характеристик распределений по 13 на каждый цветовой канал. Использование шести признаков дает точность классификации, сопоставимую с точностью при 39 признаках. При незначительном изменении точности классификации (на 0.005) достаточно всего два признака. Предлагается использовать приведенные данные иммуногистохимического анализа биомаркеров в клетках рака молочной железы при анализе люминесцентных изображений при обработке результатов в онкоцитологии.
Ключевые слова
Об авторах
Е. В. Лисица
Белорусский государственный университет
Беларусь
Беларусь
220030, Минск, просп. Независимости, 4
В. В. Скакун
Белорусский государственный университет
Беларусь
Беларусь
220030, Минск, просп. Независимости, 4
В. В. Апанасович
Белорусский государственный университет
Беларусь
Беларусь
220030, Минск, просп. Независимости, 4
Список литературы
1. B. Stewart, C. P. Wild. World Cancer Report 2014, Geneva, Switzerland, World Health Organization, International Agency for Research on Cancer, WHO Press (2015) 16—81
2. V. Mikkilineni, R. D. Mitra, J. Merritt, J. R. DiTonno, G. M. Church, B. Ogunnaike, J. S. Edwards. Biotechn. Bioengin., 86, N 2 (2004) 117—124
3. O. Ronneberger, D. Baddeley, F. Scheipl, P. J. Verveer, H. Burkhardt, C. Cremer, L. Fahrmeir, T. Cremer, B. Joffe. Chromosome Res., 16, N 3 (2008) 523—562
4. U. Neumann, N. Genze, D. Heider. BioData Mining, 10 (2017) 10:21
5. P.-W. Zhang, L. Chen, T. Huang, N. Zhang, X.-Y. Kong, Y.-D. Cai. PloS One, 10, N 3 (2015) e0123147; doi: 10.1371/journal.pone.0123147
6. J. Sonntag, C. Bender, Z. Soons, S. von der Heyde, R. Konig, S. Wiemann, H.-P. Sinn, A. Schneeweis, T. Beibarth, U. Korf. Translat. Proteom., 2 (2014) 52—59
7. D. K. Chanchala, D. W. May. IEEE J. Biomed. Health Inform., 21, N 1 (2017) 246—253
8. P. Stafford, Z. Cichacz, N. W. Woodbury, S. A. Johnston. Proc. Nat. Acad. Sci., 111, N 30 (2014) E3072—E3080
9. T. Nguyen, S. Nahavandi. IEEE Transact. Fuzzy System., 24, N 2 (2016) 273—287
10. T. Nguyen, A. Khosravi, D. Creighton, S. Nahavandi. PloS One, 10, N 3 (2015) e0120364
11. S. R. Eddy. Current Opinion in Struct. Biol., 6, N 3 (1996) 361—365
12. G. Ritter, H. Woodruff, S. Lowry, T. Isenhour. IEEE Transact. Inform. Theory, 21, N 6 (1975) 665—669
13. M. A. Hearst, S. T. Dumais, E. Osman, J. Platt, B. Scholkopf. IEEE Intell. System. Appl., 13, N 4 (1998) 18—28
14. W. Pang, H. Jiang, S. Li. Biomed. Res. Int. (2017) 1—14
15. H. M. Kluger, R. Halaban, D. L. Rimm. Cancer Res., 64, N 23 (2004) 8767—8772
16. G. G. Chung, M. P. Zerkowski, S. Ghosh, R. L. Camp, D. L. Rimm. Lab. Invest., 87, N 7 (2007) 662—669
17. R. L. Camp, G. G. Chung, D. L. Rimm. Nature Med., 8, N 11 (2002) 1323—1327
18. M. K. Szeszel, C. L. Crisman, L. Crow, S. McMullen, J. M. Major, L. Natarajan, A. Saquib, J. R. Feramisco, L. M. Wasserman. J. Histochem. Cytochem., 53, N 6 (2005) 753—762
19. Е. В. Лисица, Н. Н. Яцков, В. В. Апанасович, Т. В. Апанасович, М. М. Шитик. Журн. прикл. спектр., 81, № 6 (2014) 907—913 [Y. V. Lisitsa, M. M. Yatskou, V. V. Apanasovich, T. V. Apanaso- vich, M. M. Shytsik. J. Appl. Spectr., 81 (2014) 996—1003]
20. T. G. Nick. Methods Mol. Biol., 404 (2007) 33—52
21. F. Pedregosa, G. Varoquaux, A. Gramfort, V. Michel, B. Thirion, O. Grisel, M. Biondel, P. Prettenhofer, R. Weiss, V. Dubourg, J. Vanderplas, A. Passos, D. Cournapeau, M. Brucher, M. Perrot, E. Duchesnay. J. Mach. Learn. Res., 12 (2011) 2825—2830
Рецензия
Для цитирования:
Лисица Е.В., Скакун В.В., Апанасович В.В. ОТБОР ХАРАКТЕРИСТИК РАСПРЕДЕЛЕНИЯ ИНТЕНСИВНОСТИ В ЦВЕТОВЫХ КАНАЛАХ НА ЛЮМИНЕСЦЕНТНЫХ ИЗОБРАЖЕНИЯХ РАКОВЫХ КЛЕТОК. Журнал прикладной спектроскопии. 2019;86(3):394-400.
For citation:
Lisitsa Y.U., Skakun V.V., Apanasovich V.V. SELECTION OF INTENSITY DISTRIBUTION CHARACTERISTICS IN THE COLOR CHANNELS OF FLUORESCENT IMAGES OF CANCER CELLS. Zhurnal Prikladnoii Spektroskopii. 2019;86(3):394-400. (In Russ.)
Просмотров: 229
Послать статью по эл. почте 