Флуоресцентные характеристики комплексов Hoechst 33258 с одноцепочечными и двухцепочечными полирибонуклеотидами при разных ионных силах раствора

Методом флуоресцентной спектроскопии исследовано взаимодействие соединения Hoechst 33258 (H33258) с одноцепочечными (оц-) полирибонуклеотидами poly(rA), poly(rU) и двухцепочечным (дц-) poly(rA)-poly(rU). Выявлено, что желобковое соединение H33258, специфичное к дц-структуре нуклеиновых кислот, может связываться и с оц-РНК. Обнаружено, что H33258 лучше взаимодействует с образовавшимся в результате гибридизации полирибонуклеотидом poly(rA)-poly(rU) по сравнению с оц-poly(rA) и оц-poly(rU). На основании спектров флуоресценции построены кривые связывания H33258 с оц- и дц-полирибонуклеотидами и определены константы связывания K и число оснований n, приходящихся на одно место связывания. Получено, что константа связывания H33258  с оц-poly(rA) в 4—5 раз больше, чем с оц-poly(rU). Выявлено, что сродство H33258 к poly(rA)poly(rU) и оц-poly(rA) зависит от ионной силы раствора, в то время как в случае оц-poly(rU) такая зависимость не обнаружена. 

1. X. X. Zhang, S. L. Brantley, S. A. Corcelli, A. Tokmakoff. Commun. Biol., 3 (2020) 525, doi: 10.1038/s42003-020-01241-4

2. A. Basu, G. S. Kumar. J. Chem. Thermodynamics, 126 (2018) 91—96, doi: 10.1016/j.jct.2018.06.024

3. J. Bucevičius, G. Lukinavičius, R. Gerasimaitė. Chemosensors, 6 (2018) 18

4. G. Mazzini, M. Danova. Methods Mol. Biol., 1560 (2017) 239—259

5. M. Dasari, S. Lee, J. Sy, D. Kim, S. Lee, M. Brown, M. Davis, N. Murthy. Org. Lett., 12 (2010) 3300—3303

6. A. Nakamura, K. Takigawa, Y. Kurishita, K. Kuwata, M. Ishida, Y. Shimoda, I. Hamachi, S. Tsukiji. Chem. Commun., 50 (2014) 6149—6152

7. G. Lukinavičius, C. Blaukopf, E. Pershagen, A. Schena, L. Reymond, E. Derivery, M. Gonzalez- Gaitan, E. D’Este, W. S. Hell, D. W. Gerlich, K. Johnsson. Nat. Commun., 6 (2015) 8497

8. T. J. Karg, K. G. Golic. Chromosoma, 127, N 2 (2018) 235—245, doi: 10.1007/s00412-017-0654-5

9. P. O. Vardevanyan, M. A. Parsadanyan, A. P. Antonyan, M. A. Shahinyan. J. Biomol. Struct. Dyn., 40, N 3 (2022) 1182—1188, doi: 10.1080/07391102.2020.1823883

10. N. W. Luedtke, J. S. Hwang, E. Nava, D. Gut, M. Kol, Y. Tor. Nucl. Acids Res., 31, N 19 (2003) 5732—5740, doi: 10.1093/nar/gkg758

11. S. Das, S. Parveen, A. B. Pradhan. Spectrochim. Acta A: Mol. and Biomol. Spectrosc., 118 (2014) 356—366

12. V. B. Arakelyan, A. Y. Mamasakhlisov, E. M. Kazaryan, M. A. Parsadanyan, P. O. Vardevanyan. J. Biomol. Struct. Dyn., 39, N 6 (2021) 1907—1911, doi.org/10.1080/07391102.2020.1739559

13. M. Hossain, A. Kabir, G. S. Kumar. Dyes Pigments, 92 (2012) 1376—1383, doi: 10.1016/j.dyepig.2011.09.016

14. M. I. Zarudnaya, I. M. Kolomietsa, A. L. Potyahayloa, D. M. Hovorun. J. Biomol. Struct. Dyn., 37, N 11 (2019) 2837—2866, doi: 10.1080/07391102.2018.1503972

15. P. Giri, G. S. Kumar. Arch. Biochem. and Biophys., 474 (2008) 183—192

16. Z. H. Movsisyan. Chem. and Biol., 57, N 2 (2023) 126—132, doi: 10.46991/PYSU:B/2023.57.2.126

17. П. О. Вардеванян, А. П. Антонян, А. Г. Матевосян, М. А. Парсаданян, З. О. Мовсесян. Журн. прикл. спектр., 91, № 1 (2024) 65—73 [P. O. Vardevanyan, A. P. Antonyan, A. G. Matevosyan, M. A. Parsadanyan, Z. O. Movsisyan. J. Appl. Spectr., 91 (2024) 55—63]

18. J. R. Lakowicz. Principles of Fluorescent Spectroscopy, Springer, New York (2006), doi: 10.1007/9780-387-46312-4